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胃肠道功能紊乱的临床特点，特别是病情常随情绪变化而波动，症状可因精神治疗如暗示疗法而暂时消退，提示有本症的可能性。
必须强调指出，在诊断此症前必须排除器质性疾病，尤其是胃肠道的恶性病变，以IBS为例，多数患者情绪紧张，就医时述诉繁多，滔滔不止，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏，医生首先应耐心听取和分析患者的陈述，仔细进行体格检查和常规化验，包括血常规，血沉，粪常规，粪隐血虫卵和细菌培养，纤维结肠镜及结肠气钡双重造影，除外结肠癌，炎症性肠病，憩室炎，痢疾等，有持续腹痛伴体重减轻者应作全消化道钡餐摄片除外克隆病，餐后持续上腹痛者作胆囊超声，怀疑胰腺疾患时作腹部CT及淀粉酶测定，怀疑乳糖酶缺乏症时应作乳糖耐量试验;小肠粘膜活检除外小肠粘膜疾病;结肠粘膜活检除外结肠炎，初步诊断为此症后，还须密切随访，经过一段时间，才能确保诊断无误。
神经性呕吐须与慢性胃病，妊娠呕吐，尿*症等鉴别，还应除外颅内占位性病变，神经性厌食须与胃癌，早期妊娠反应，垂体或肾上腺皮质功能减退鉴别。
起病大多缓慢，病程常经年累月，呈持续性或有反复发作，临床表现以胃肠道症状为主，可局限于咽，食管或胃，但以肠道症状最常见，也可同时伴有神经官能症的其他常见疾病~!
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